東大麥吉爾團隊推SUICA 預測空間轉錄組基因表達
空間轉錄組技術能保留基因表達的空間資訊,但高維數據難以建模。東京大學與麥吉爾大學團隊提出深度學習模型SUICA,結合隱式神經表徵與圖自編碼器,可預測切片上任一位置的基因表達。
方法架構
SUICA先用圖自編碼器對高維空間轉錄組數據降維,再以隱式神經表徵對切片座標與對應基因表達的關係建模,從而推算切片中任一位置的基因表達水平。
研究指該方法同時帶來數據降噪、生物訊號強化及緩解dropout等效用,令模型對雜訊與缺失更加穩健,有助提升數據建模的精度。


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