十一種細胞分割方法獲系統評測 覆蓋五大平台

研究背景與挑戰

空間轉錄組學數據分析中，細胞分割是關鍵前置步驟，其結果直接影響轉錄本歸屬、細胞類型識別、空間組織結構及後續生物學解釋，分割品質欠佳會令下游結論出現偏差。

目前不同空間轉錄組平台各自採用不同的分割策略，行業內缺乏統一的評價標準，各種方法在不同組織與技術條件下的實際表現，此前亦未有系統性的釐清。

基準框架的構建

研究人員建立了一套空間轉錄組細胞分割基準評估框架，共比較十一種分割方法，涵蓋基於圖像、轉錄組及多模態資訊的三類技術路線，以填補評價標準的空缺。

評估數據來自五種空間轉錄組技術，包括Stereo-seq、Xenium、CosMx、STARmap PLUS及MERFISH，合共十五個數據集，涉及人類與小鼠的十二種組織類型，累計約二百三十萬個細胞。

評估採用CellSPA評價體系，從細胞檢測、轉錄本回收等多個維度對各種方法逐一衡量，以呈現不同方法在各類條件下的表現差異及適用範圍。

統一標準的意義

該基準框架為空間轉錄組領域提供了統一的方法評價基準，有助研究人員按組織類型與技術平台選擇合適的分割方案，亦為後續方法改進提供可對照的量化依據。

對從事空間轉錄組研究的團隊而言，統一基準亦有助比較新舊方法的迭代效果，減少因評測口徑不一而產生的結論分歧，促進領域內的方法學交流。