CODesign從生成過程統一蛋白質序列與結構

兩階段範式

傳統流程先生成滿足目標功能的蛋白質骨架，再透過逆折疊為骨架設計氨基酸序列。這種做法將結構生成與序列設計拆成相對獨立的步驟，流程清晰，已成為當前常見範式。

然而氨基酸類型決定局部相互作用、側鏈堆積與界面化學環境，這些因素又反向影響蛋白質可形成的三維結構。先固定骨架再尋找序列，等於切斷了兩者的協同演化關係。