浙大團隊發布PROTAC-DB 4.0平台

數據規模大幅擴充

新版收錄15502條PROTAC記錄，對應10725個獨立分子，較上一版的6111個大幅增長；分子膠記錄24798條，對應15237個分子；另收錄272條XTAC記錄。靶蛋白由442個增至573個，E3連接酶擴展至22種。

實驗數據方面，具DC50降解活性數據的PROTAC記錄由1762條增至3595條，具細胞活性數據的記錄增至4997條，並補充Western blot實驗、藥代動力學及晶體結構等信息，數據更完整。

分子膠與XTAC入庫

靶向蛋白降解透過招募E3泛素連接酶誘導目標蛋白泛素化並由蛋白酶體降解，為難成藥靶點提供新策略；分子膠與多種誘導鄰近技術湧現，令領域走向多元分子調控體系，但相關數據散落文獻與專利之中。

新收錄的分子膠數據涵蓋降解劑，以及可穩定蛋白質相互作用的穩定劑；XTAC數據集覆蓋DUBTAC、PHOTAC、RIBOTAC、HaloPROTAC、PhosTAC等技術路線，涉及蛋白穩定、光控降解、RNA降解及磷酸化調控。

LLM問答支持知識發現

數據庫引入基於大語言模型與檢索增強生成的自然語言查詢系統，融合結構化數據與文獻檢索，構建含1271篇文獻的知識語料庫，研究人員可透過自然語言完成複雜檢索、機制分析與知識發現。

例如查詢「尋找針對BTK、DC50低於10nM的PROTAC並解釋所用E3連接酶」，系統結合定量活性與文獻完成多條件篩選及解釋；對CRBN與VHL路線的優劣比較等複雜問題，亦能給出帶來源依據的結構化答案。

為AI藥物設計打基礎

平台完善不同分子類型的統一瀏覽、查詢與下載，可按靶蛋白、分子性質與生物活性篩選；並持續收集文獻與專利信息、標準化化學結構，增強數據的可追溯性與可復用性。

這些數據為基於機器學習的降解活性預測、分子性質建模及生成式分子設計提供更豐富來源，有望支持構建更通用的靶向降解預測模型。平台由研究團隊持續建設六年，已從化合物信息庫邁向交互式科研平台。